uniPaaS V1Plus移行後、テーブル定義が一部消える

以下の手順でuniPaaS V1Plusへの移行作業を実施しています。

Magic V9 V9.30J SP5（動作OK）
[リポジトリ出力]
　　↓
[リポジトリ入力]
Magic V9Plus V9.4J SP6a（動作OK）
[リポジトリ出力]
　　↓
[V9Plusアプリケーション変換ユーティリティ]
uniPaaS V1Plus V1.9g2

ここで、Magic V9Plusまでは問題無かったのですが、uniPaaSに移行したところで強制終了が頻発。原因を探ると、一部のテーブルが名前の定義だけで、カラムやインデックスの定義がなくなっていました。
※データリポジトリの一覧にはあるけど、中身は真っ白…

DataSources.xmlを見ると、テーブルのカラム定義等は残っているのですが、DataObjectやColumnのCommentが適当な位置で切れ、その続きが次の項目のCommentに出力され、挙句の果てには全角文字の1バイト目で切られたために文字化けしていたり…という状態になっていました。
また、コメントが長すぎて溢れた…というのならともかく、次項目のコメントの先頭一部を持ってきてしまうという逆のパターンもあり、もはや理解不能です。

コメント以外に関しては、問題が無さそうな感じです。

どこかで移行手順を間違えているのか？
移行ユーティリティにバグがあるのか？
コメントを全部消すしかないのか？これはイヤだな…。
同じような状況を経験した方、いませんでしょうか？