モデルに設定した起動プログラム番号がずれる

いつもお世話になっております。

表題の通り、モデルに設定したプログラム番号がいつの間にか変わってしまい「ズーム」で違うプログラムが起動してしまうことが何度かありました。

モデル自体については追加したり変更したりはないのですが、プログラムは当然追加等を行っています。
気になる点としては、フォルダ管理しているので、コピーしたプログラムが、こちらの意図と関係なくフォルダ単位の最終番号へ作成される事です
したがって、プログラムリポジトリへのプログラム挿入が頻繁に起こっているのでずれてしまうのかと考えていますが、そのような現象を体現されている方はおりますでしょうか？

また、対処方法等があればご教授いただければと思います。

尚、並行開発等はしておりません。完全単独です。

ずれる度にモデルリポジトリを見直すのはかなりしんどくなってきました。
よろしくお願いいたします。