DBエラー（時間切れ）の発生について

皆さん、こんいちは。
現在、表題の件で困っておりまして、どなたかご教授お願いします。
クラサバのシステムなのですが、今回、V9Plus から uniPaaS V1Plus にマイグレーションを行いました。

具体的には
WindowsServer2003
SQLServer2000
V9PlusSP6bPT1
から
WindowsServer2008R2
SQLServer2008R2
uniPaaS V1Plus 1.8SP1b
です。

その結果、不定期に「時間切れ」と発生するようになりました。
V9の時は出ていなかったのですが、uniPaaSにしてからです。
又、「時間切れ」と出る前には、uniPaaSがしばらく固まってしまいます。
ただ、サーバーOS、DB共に変更していますので、切り分けをしないといけないと思いますが、現在苦労しています。

何方か、アドバイス等あれば、是非お願いします。